Im Seeboden finden die Archäologinnen und Archäologen die Reste des ehemaligen Dorfbodens der urgeschichtlichen Siedlungen.
Der Seegrund besteht aus verschiedenen natürlichen Ablagerungen, wie Ton, Schluff, Sand, Kies oder Seekreide. Interessant wird es für die Archäologie, wenn sich zwischen diesen natürlichen Schichten auch Ablagerungen des Menschen befinden, sogenannte Kulturschichten. Diese Kulturschichten bestehen aus an die Fundstelle gebrachtem und verarbeitetem Material der damaligen Bewohner des Gebietes. Sie beinhalten eine Fülle an Informationen für die Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler. An einem Siedlungsplatz sammelt sich über die Jahre eine Menge Abfall und Schmutz an, es werden Gruben ausgehoben und mit Müll gefüllt oder Straßen mit Bauschutt fundiert. Wenn eine Siedlung aufgegeben wird, zerfallen die Gebäude, Dach und Wände stürzen ein und Gegenstände werden zurückgelassen. All dieses Material verwittert mit der Zeit und zurück bleiben verrottetes Material, Bodenverfärbungen, Scherben der ehemaligen Gefäße und dergleichen. In einem feuchten Boden kann die Verwitterung jedoch bedeutend verlangsamt werden. Das Wasser im Boden verursacht den Abschluss vor der umgebenden Luft, die in normalen, nicht Wasser gesättigten Erdböden, immer noch in Resten vorhanden ist. Dadurch sind die für den natürlichen Abbau verantwortlichen Bakterien nicht mehr überlebensfähig und das organische Fundmaterial kann somit nicht von ihnen zerstört („aufgegessen“) werden. Es erhält sich in einem erstaunlich guten Zustand über eine sehr lange Zeit. Material wie Textilien, Holz oder Nahrungsreste die an Land kaum bis gar nicht mehr zu erkennen sind, können unter Wasser noch fast vollständig erhalten sein.
Diese selten erhaltenen Hinterlassenschaften der Pfahlbausiedlungen geben den Forscherinnen und Forschern vielfältige Informationen über das Leben der damaligen Menschen. Beispielsweise können Samen- oder Knochenreste Auskunft geben über die Auswahl der Nahrung und ob Landwirtschaft oder Viehzucht betrieben wurde. Die Anzahl und Anordnung der Holzpfähle, oder Lehm- und Aschereste einer Herdstelle, lassen Überlegungen zu der Größe und Ausstattung ihrer Häuser zu. Es ist somit nicht nur das Material an sich wichtig, sondern auch in welchem Zusammenhang es zueinander steht. Ein Getreidekorn zwischen Keramikscherben, könnte auf die Funktion eines Vorratsgefäßes deuten.
Im Seeboden verstecken sich aber noch weitere Informationen, die mit naturwissenschaftlichen Analysen herausgefiltert werden können. Durch das Material aus Bohrungen oder aus ganzen Probenblöcken können Ausschnitte des Seebodens mit all seinen Sedimentablagerungen ins Labor transportiert werden. Dort kann dann einiges über die Veränderung der Umwelt und den Verlauf beziehungsweise die Dauer einer Siedlung herausgefunden werden. Beispielsweise konnte bei der neolithischen und bronzezeitlichen Siedlung am Nussbaumersee des Seebachtals in der Schweiz durch Bohrungen festgestellt werden, dass die Siedlung öfter von Hochwasser heimgesucht wurde. In manchen Schichten konnten sogar Spuren von Wasserpflanzen nachgewiesen werden, wodurch nicht nur Hochwasser sonder auch länger zeitige Seehochstände bezeugt sind. Die Bewohner waren in diesen Zeiten gezwungen ihren Siedlungsplatz zu verlassen. An einem anderen Beispiel lässt sich ein durch den Menschen verursachter ökologischer Kollaps nachweisen. Bei den Ausgrabungen der frühbronzezeitlichen Seeufersiedlung Bruszczewo in Großpolen zeigten Bohrungen Anzeichen für eine Übernutzung der naturräumlichen Ressourcen durch die Siedler. Die Siedlung musste zur Mittelbronzezeit aufgegeben werden, da die steigende Metallproduktion das Wasser vergiftet und die Abholzung zu einem Mangel an Bauholz geführt hatte. Im Fall Bruszczewo wird deutlich wie schon zur damaligen Zeit schlechtes Wirtschaften die Zerstörung der eigenen lokalen Umwelt zur Folge hatte. Eine Problematik die auch in unserer heutigen Gesellschaft ein großes Thema ist.
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